Gli spiriti eroici Saber, Lancer e Rider combattono fianco a fianco contro la bestia demoniaca di Caster, che continua a rigenerarsi a ritmi vertiginosi.
Saber e Rider riconsiderano la strategia di attacco a Caster, obbligando Lancer a una scelta difficile. Kariyane nel frattempo affronta Tokiomi.
Mentre tutti gli Eroi sono provati dalla vittoria contro Caster, due Cavalieri combattono una battaglia onorevole e rispettosa.
Quando i combattenti vengono battuti, Saber è invitato a stringere un'alleanza e Iri confessa un segreto a Maiya.
Su un'isola delle Filippine il giovane Kiritsugu scopre la terribile verità che si nasconde dietro agli esperimenti di laboratorio del padre.
Il giovane Kiritsugu si addestra con la mercenaria Natalia viaggiando per il mondo, mentre Assassin e il suo assistente si dedicano a diversi compiti.
Iri comincia a indebolirsi mentre la guerra tocca il suo apice. Scoprendo che Saber e Rider si preparano alla battaglia, Kiritsugu decide di uccidere Tokiomi.
Saber e Kiritsugu provano a rintracciare chi ha rapito Iri. Nella chiese in cui Kariya intende affrontare Tokiomi si consuma una tragedia.
Kirei interroga Iri a proposito di Kiritsugu, mentre Waver decide di cedere il suo potere a Rider, che viene convocato per un duello con Archer.
Mentre le squadre corrono al campo di battaglia, Berserker rivela la sua identità a Saber. Rider e Waver sono intercettati prima di raggiungere il luogo della battaglia.
Kiritsugu scopre un lato inaspettato del Graal, che lo obbliga a ripensare alle sue motivazioni. Kiritsugu finalmente affronta Kirei.
Mentre Kiritsugu chiede la distruzione del Graal, questo provoca altri danni dopo essere stato eliminato e inaspettatamente risveglia un volto noto.
In questa serie vengono narrati gli avvenimenti occorsi durante la Quarta Guerra per il Sacro Graal nella città di Fuyuki. In questa guerra, sette maghi chiamati Master sono accompagnati da sette Spiriti di Eroi passati: i Servant. L'unico scopo è contendersi il Sacro Graal, che si dice possa esaudire un desiderio, qualunque esso sia, al vincitore. Gli Einzbern, fondati secoli prima dalle famiglie Einzbern, Matō e Tohsaka, dopo tre tentativi falliti desiderano a tutti i costi impadronirsi del Sacro Graal; decidono quindi di arruolare l'odiato magus killer, Kiritsugu Emiya, nonostante non siano ben visti i suoi discussi metodi d'azione e l'ormai consolidata reputazione di mercenario e assassino spietato: si dice che impieghi qualsiasi mezzo necessario per raggiungere i propri obbiettivi.