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Pride e la squadra dell'NCIS indagano sull'assassino di un ufficiale del NOPD. Si ritrovano ad affrontare un gruppo di poliziotti corrotti visto che l'ufficiale era un testimone chiave in alcuni casi dove questi poliziotti erano indagati. Inoltre, Tammy affronta ha una nuova relazione.
Mentre la squadra dell'NCIS continua a indagare sull'omicidio di un ufficiale che stava per denunciare una cattiva condotta della polizia all'interno del NOPD, Pride deve essere creativo per sbarazzarsi finalmente dei poliziotti sporchi. Inoltre, il sindaco chiede a Pride di unirsi alla sua nuova task force per affrontare i problemi sistemici che affliggono la loro città e, mentre il COVID continua a sopraffare il sistema, Wade affronta finalmente il bilancio che le è stato imposto.
L'NCIS trova la prova chiave mancante per il caso dell'ufficiale: una batteria ad alta tecnologia top secret. Pride e il team si rendono conto che potrebbero esserci conseguenze mortali se cadesse nelle mani sbagliate.
Un siluro colpisce un peschereccio in mare, l'intera costa del Golfo è in pericolo mentre Pride e l'NCIS scalpitano per trovare il sottomarino prima che possa colpire di nuovo.
Una terapista della Marina con un alto livello di autorizzazione di sicurezza viene assassinata. Pride e la squadra scoprono che stava aggirando il sistema per ottenere giustizia per le vittime di aggressioni sessuali. Inoltre, la madre di Carter lo affronta quando si rifiuta di parlare con l'FBI per un controllo dei precedenti per suo conto, e Sebastian inizia a stringere un legame con un testimone chiave che è stato duramente colpito dalla pandemia di COVID-19.
Pride e la squadra continuano le indagini sull'aggressione di un agente e sull'omicidio del suo terapeuta, l'NCIS si concentra su un sospettato principale che ha lavorato al sistema per anni. Inoltre, Carter e sua madre parlano di come andranno avanti dopo un errore passato, e Sebastian inizia una nuova promettente relazione.
Pride e la squadra sono a caccia di una quattordicenne rapita e scoprono che suo padre, che presto avrà la custodia di lei, è un survivalista radicale che vive fuori dalla normalità.
Quando un sottufficiale viene abbattuto da un cecchino, Pride e l'NCIS danno la caccia all'assassino, solo per scoprire che potrebbe non agire da solo. Inoltre, Rita dice a Pride che le è stato offerto un lavoro avvincente a Kansas City.
La vita di Sabastian è in pericolo quando un criminale che ha messo dietro le sbarre sfugge alla custodia della polizia. Inoltre, Carter ha il compito di mantenere Sabastian in custodia protettiva e il flirt di Carter e Hannah è divertente foraggio di pettegolezzi per Tammy e Sabastian.
Dopo che una molotov viene lanciata nel bar di Pride, le prove lo portano a dirigere verso la sua vecchia nemesi, Sasha Brousard, che ha mantenuto un segreto che influenzerà la sua vita per sempre. Inoltre, Tammy usa le sue abilità di profilazione su Hannah e Carter con una precisione scioccante.
La squadra indaga sul micidiale attentato al bar e sull'imminente guerra criminale per il territorio che coinvolge Sasha Broussard. Inoltre, mentre Pride deve fare i conti con Connor nella sua vita, Carter e Hannah lavorano per definire la loro nuova relazione.
Mentre Pride ordina alla squadra di collegare Sasha ai recenti attacchi a New Orleans, deve aiutare Connor a fare i conti con chi è veramente sua madre. Inoltre, Carter e Tammy cercano un cane militare altamente addestrato rubato, e Pride e Rita prendono una decisione importante sul loro matrimonio.
Mentre Pride e Rita pianificano il loro matrimonio, l'FBI arresta Connor in relazione al bombardamento del bar come mezzo per raggiungere sua madre, Sasha Broussard, e Rita potrebbe essere l'unica persona che può salvarli.
Alla vigilia del matrimonio di Pride con Rita, Connor entra nella protezione testimoni, Pride deve scoprire chi ha attaccato Jimmy e Connor, scoprendo anche i secondi fini di Sasha riguardo al figlio.
La serie segue le vicende della squadra dell'NCIS distaccata a New Orleans. Guidata dall'agente speciale Dwayne Cassius Pride, è composta anche dall'agente speciale Christopher LaSalle e dalla neo-arrivata agente Meredith Brody, avvalendosi dell'assistenza del tecnico di laboratorio Sebastian Lund e del medico legale Loretta Wade. A partire dalla seconda stagione entrano nella squadra Patton Plame, esperto di cyber crimini, già collaboratore del team nella prima stagione e Sonja Percy, ex agente dell'ATF che ha collaborato con Pride nella caccia alla Piccola Esca e a Sasha Broussard. Durante la terza stagione, in seguito alla partenza di Brody, causata dalla sconvolgente storia con l'agente e traditore John Russo, alla squadra si aggiungerà l'agente Tammy Gregorio.