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Gates corre sul luogo dell'esplosione dopo aver scoperto che nell'ambulanza c'era Pratt, non Sam. Pratt, ferito dall'esplosione, viene portato d'urgenza al Policlinico dove lo staff del Pronto Soccorso lavora per stabilizzarlo. Alla fine, Pratt muore in seguito alla rottura della carotide. Nel frattempo, Abby ha sbagliato la diagnosi di un paziente e parla dei suoi progetti di lasciare Chicago insieme a Luka. Anspaugh fa sapere che Pratt sarebbe diventato il capo del pronto soccorso. Morris cerca di riprendersi dopo la morte di Pratt.
Un nuovo gruppo di borsisti ed il nuovo capo del Pronto Soccorso arrivano al Policlinico per il loro primo giorno di lavoro mentre un bio terrorista con una borsa piena di Ricin viene medicato per una gamba rotta.
Abby ottiene un lavoro a Boston e prova a lasciare il Policlinico senza far sapere la novità, ma lo staff le dimostra quanto mancherà a tutti. Abby dice addio e parte per Boston con Luka e suo figlio.
Insoddisfatta per l'operato dei borsisti, la Banfiled decide di iniziare un nuovo sistema. Ogni borsista avrà un mentore: Daria è assegnata a Gates, Ryan a Morris e Tracy a Brenner. Brenner dice a Tracy come vuole procedere ma lei insiste nel fare le cose a modo suo.
Sam è occupata dai suoi studi per un esame di farmacologia e Gates si sente trascurato. Un litigio a scuola finisce con un accoltellamento, con Brenner che cura la vittima e cerca di scoprire la verità nascosta dietro a questa storia. Morris ha una sorpresa per Neela. Gates resta bloccato nella tromba delle scale insieme ad un ragazzino silenzioso nella notte di Halloween.
Un'automobile si scontra con un'ambulanza nel parcheggio del pronto soccorso. Brenner si prende cura della bambina, che era nell'auto, in attesa del padre che però l'abbandona. Gates cerca di aumentare il suo indice di gradimento fra i pazienti cercando di convincere un uomo a farsi operare. Morris va all'appuntamento con l'agente Claudia, ma invece di un'uscita romantica si ritrova a dover impersonare Super Gary a una festa di compleanno per bambini.
La dottoressa Banfield va ad un incontro come primo passo verso l'adozione di un bambino. Carter torna a lavorare al pronto soccorso ma Gates non si fida della sua esperienza. Morris è impegnato con due pazienti troppo osservanti delle regole. Arriva al pronto soccorso la madre di Sam che non la riconosce. Brenner pensa che una bambina subisca abusi dalla famiglia affidataria e non si sente compreso da Neela.
Un vecchio amico e mentore di Carter, Peter Benton, gli fa visita nel momento del bisogno, mentre è ricoverato in attesa di un trapianto. A Seattle Doug Ross e Carol Hathaway, nel frattempo divenuta medico, convincono una nonna, interpretata da Susan Sarandon, a consentire alla donazione degli organi del nipote. Doug, conversando con Neela, ricorda i tempi in cui era a Chicago.
Neela prova il suo valore quando si scontra con Dubenko su come procedere su due casi chirurgici. Brenner ha un momento di autoanalisi sulla sua dolorosa infanzia. Neela lascia il Policlinico per raggiungere Ray a Baton Rouge.
E.R. - Medici in prima linea è una serie televisiva statunitense di genere medical drama prodotta dal 1994 al 2009 e creata dallo scrittore Michael Crichton. È ambientata nel pronto soccorso del policlinico universitario di Chicago, il County General Hospital, e racconta la tipica giornata lavorativa dei medici che vi lavorano e dei vari casi che nel corso della puntata si susseguono, analizzando le varie patologie.