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Le provviste di Defiance scarseggiano, ma intanto le ricerche per i due bambini scomparsi e per i loro rapitori continuano. Irisa e Nolan riescono a scappare e cercano di ritornare a Defiance.
Pilar, Alak e il piccolo Luke riescono a scappare; Pilar trova un camper in una zona selvaggia e ne uccide gli abitanti ma quando Alak si sveglia di notte, Pilar e Luke sono scomparsi. A Defiance Doc Yewl cerca di prendersi cura della nuova aliena arrivata, Kindzi.
Nolan e Irisa sono tratti in salvo da una forza misteriosa giusto in tempo prima che le forze nemiche arrivino in città.
Amanda e Nolan sono catturati mentre stavano scavando per recuperare delle armi nascoste e cercano di organizzare un piano di fuga. A Berlin viene presentata un'occasione di vendetta contro Irisa. La relazione tra Stahma e T'evgin prende una svolta imprevista.
Irisa e Nolan sono alle prese con il loro passato, Amanda e Doc Yewll chiedono aiuto a T'evgin per salvarli. Datak e Stahma preparano una mossa decisiva contro Rahm Tak del Votanis Collective.
Nolan e Berlin sono sulle tracce dei Tarrs dopo che la loro connessione con il Votanis Collective viene esposta. Alak affronta il suo futuro come padre.
La visita di un affascinante trafficante di armi cambia la fortuna di Defiance ma crea tensione tra Amanda, Nolan e Berlin. Nolan organizza una milizia per combattere contro l'imminente attacco. Datak e Alak hanno un confronto risolutivo. La presenza di Stahma crea subbuglio tra i misteriosi Omec.
Defiance è sotto assedio, Nolan, Amanda, Irisa e la milizia difendono la città contro il Votanis Collective. Datak prende una decisione chiave dopo aver ricordato le lezioni impartitegli da suo padre.
Dopo un brutale omicidio Irisa e Nolan sono a caccia di una strana bestia che si trova dispersa in città. Amanda è diffidente nel dare il bentornato a Stahma mentre T'evgin scopre una verità inquietante su sua figlia.
Nonostante lo scetticismo di Nolan, Amanda invita una delegazione del Votanis Collective a Defiance. La lealtà di Stahma viene messa alla prova da un arrivo inaspettato. T'evgin fa un ulteriore passo avanti nel suo acclimatarsi alla vita terrestre.
Nolan viene inaspettatamente liberato dalla custodia del Votanis Collective; Datak intanto si sta pentendo amaramente di aver chiesto l'aiuto di Doc Yewll. Nolan è testimone di qualcosa di sorprendente mentre si trova nelle miniere.
Nolan, Amanda e Irisa cercano un modo per evitare che Kindzi si svegli e trasporti nuovi gruppi di Omec sulla Terra. Datak sta tentando di scappare da un campo Omec mentre Stahma implora il perdono di Alak prima che sia troppo tardi.
Gli Omec stanno dando la la caccia ai cittadini di Defiance e Nolan, amanda, Irisa, Datak, Stahma, Berlin e il Dottor Yewll si preparano a una missione potenzialmente suicida per fermare la minaccia Omec una volta per tutte.
2047: il volto della Terra è completamente trasformato e le regole di una volta sono ormai carta straccia. Dopo più di trent'anni dall'arrivo di diverse razze aliene sulla Terra, il paesaggio è completamente sfigurato e reso quasi irriconoscibile dalla terraformazione degli invasori. Defiance, eretta su quello che è rimasto della città di St. Louis, è un baluardo di pace ed equilibrio ed è proprio qui che si snodano le vicende dei protagonisti della serie.