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Kagura fa la guardia alla prigione di Goryomaru sotto ordine di Naraku e quando si chiede il motivo della prigionia e perché gli fa assorbire i demoni, arriva Hakudoshi e le suggerisce di liberarlo, così i due convincono la donna ad allearsi per tradire Naraku raccogliendo i frammenti rimanenti e sconfiggerlo.
Il gruppo al villaggio degli sterminatori indaga su un'anomalia nella cava di Midoriko, al cui interno è presente un bozzolo di Shinidamachu che raccoglie l'anima della sacerdotessa decaduta e la porta a Kikyo, poiché quest'ultima ha scoperto che la ferita che Naraku le ha inferto sul monte Hakurei si è riaperta.
Totosai raggiunge Sesshomaru attirato dal richiamo di Tenseiga, poiché quest'ultima ha percepito il cambio nell'animo del demone-cane durante la morte di Kagura.
Inuyasha si rivolge a Totosai per indagare sulla spada Dakki incompleta e viene indirizzato dal fabbro spadaio Toshu; quest'ultimo per creare le spade, fonde le lame con una scaglia di Ryujin (un demone drago).
Inuyasha torna da Totosai per gli effetti collaterali delle Scaglie di Drago, così il fabbro lo indirizza dall'eremita santone Yoreitaisei. Nel frattempo Moryomaru si avvicina a Ginka e Kinka, due particolari demoni con il corpo unificato dalla nascita, che si affrontano a vicenda per ottenere un unico corpo.
Naraku assorbe nel suo corpo Yomeiju, un demone albero in grado di penetrare le barriere con i rami e divorare i demoni, poi si dirige verso Moryomaru e dopo aver spiegato che aveva previsto il suo tradimento e che lo ha sfruttato in modo che si potenziasse, inizia ad affrontarlo.
Kikyo fa passare il miasma di Miroku nel suo corpo e lo purifica all'interno, poco più tardi spiega al monaco che anche se ha rimosso il veleno, non è riuscita a purificare quello in profondità e che ogni voltà che userà il vortice le cicatri si ramificheranno fino a raggiungere il cuore e ucciderlo.
Kagome ha ottenuto l'arco del monte Azusa dopo aver superato una prova, nel frattempo le ragnatele di Naraku raggiungono Kikyo e gli altri e li intrappolano trasportandoli lontano dal monte dove ha inizio la battaglia con Naraku, il quale tiene fra le braccia la sacerdotessa con l'intento di ucciderla per sempre.
Koga raggiunto da Ginta e Hakkaku, ora che ha perso i frammenti decide di abbandonare per sempre questa battaglia salutando gli amici dopo aver spronato Inuyasha a risollevarsi.
Naraku si rende conto che il puntino di luce che Kikyo ha lasciato nella sfera minaccia la sua vita nonostante la sacerdotessa sia ormai defunta. Inuyasha e gli altri vanno a riposarsi in un villaggio orchestrato di fiori profumati in cui i paesani accettano di farli alloggiare per la notte.
Il gruppo si nasconde in una grotta protetta da una barriera innalzata da Miroku, poco dopo si fa vivo il demone dello specchio che infrange la barriera con Tessaiga Rossa, Inuyasha si lancia all'attacco e dopo essere scaraventato via si ritrova con il volto trasformato in demone ma con la mente perfettamente lucida.
Durante la notte del novilunio, Sango e Miroku si trovano alle prese con due demoni mangia ossa, padre e figlia, di cui il primo si sta disintossicando da un veleno divorando ossa di qualità; quando questi nota che Hiraikotsu è l'unione di una moltitudine di demoni prova a divorarlo.
Dopo che Sesshomaru ha attraversato gli inferi, il diametro della Meido Zangetsuha si è esteso quasi del tutto, ma più di così non riesce ad andare, viene allora "invitato" da Shishinki, il vero possessore della tecnica che lui può lanciare da uno scettro, sempre a forma di luna ma con un diametro molto piccolo che però è in grado di assorbire quella di Sesshomaru incompleta.
Sesshomaru si rivolge da Totosai per sapere se i suoi sospetti siano fondati; secondo la volontà del Grande Demone Cane, ora che il Meido è completo, la tecnica dovrà essere riassorbita da Tessaiga, divenendo quindi di Inuyasha.
Sesshomaru riceve la visita di Byakuya dell'illusione che gli fa dono di un frammento del demone dello specchio di Kanna. Il demone-cane lo sparge su Tenseiga e crea una copia di Tessaiga e sfida Inuyasha in un combattimento mortale per verificare una volta per tutte se è degno di Tessaiga e quindi della tecnica Meido Zangetsuha.
Naraku uccide la sacerdotessa Hitomiko con la sua ragnatela; lui e quest'ultima si erano già incontrati 15 anni prima. Naraku, riporta in vita Hitomiko come non-morta, e la istiga ad uccidere Kagome poiché impaurito dal potere del suo arco preso al monte Azusa.
Inuyasha racconta a Kaede di Kikyo e del sigillo spirituale di Kagome. La vecchia sacerdotessa spiega che probabilmente è stata la parte maligna della sfera temendo il potere innato di Kagome. Naraku intanto fa materializzare Magatsuhi dalla sfera dandogli in prestito i frammenti del suo corpo.
Kagome si riprende dopo aver perso i sensi nello scontro con Magatsuhi ma non ha più i suoi poteri mistici, a causa di un sigillo, difatti non riesce a purificare il frammento corrotto di Kohaku che rimane quindi svenuto.
Kagome tenta di preparare una cena deliziosa per Inuyasha nell'era moderna, ma lui trova il modo di incasinare tutto. Nell'epoca Sengoku, Magatsuhi con un diversivo riesce ad entrare nel corpo privo di sensi di Kohaku, per "consegnarlo" a Naraku insieme al suo frammento.
Mentre Kohaku precipita, i tentacoli di Naraku celato nell'oscurità tentano di afferrarlo, ma vengono tagliati. A questo punto arriva Sesshomaru che schernisce Magatsuhi per l'aver paura di Tenseiga.
Naraku riguarda alla sua nascita e al completamento della sfera, ora nelle sue mani interamente corrotta al punto che Magatsuhi (adesso nel corpo di Rin) non può più rientrarvi.
Miroku e Sango sono soggetti ad una visione illusoria che mostra loro il modo atroce in cui il padre del monaco è morto risucchiato dal vortice. Sango rimane terrorizzata dalla visione sapendo che è ciò che accadrà anche a Miroku quando il vortice si squarcerà.
Con la morte di Magatsuhi, Kagome riottiene i suoi poteri sigillati, ed il suo contatto con Inuyasha lo fa ritornare normale. Kohaku, Jaken e Shippo a causa dei movimenti torbulenti del corpo di Naraku, finiscono per rimanere divisi.
Sango, avendo ceduto precedentemente a Rin la sua maschera protettiva, accusa il veleno del miasma di Naraku e sviene non appena si ricongiunge ai compagni.
Naraku riesce a fondere la sua anima con la sfera e scaglia ammassi di miasma che si fanno sempre più pericolosi. Sesshomaru ordina a Koaku di condurre Rin e Jaken fuori dal corpo di Naruku.
Kagome risucchiata dal meido, si trova nel nulla dinnanzi alla Sfera dei Quattro Spiriti, essa parla con Kagome chiedendole di esprimere il desiderio, che la gemma avrebbe esaudito, di tornare a casa nella sua era, unico modo per non rimanere intrappolata nel nulla.
Kagome, una normale studentessa che frequenta la terza media, cade nel pozzo di casa sua e viene riportata indietro di 500 anni, nell'epoca Sengoku. In quest'epoca Kagome scopre di essere la reincarnazione di Kikyo, una sacerdotessa vissuta cinquant'anni prima incaricata di custodire la preziosa sfera dei quattro spiriti, gioiello in grado di accrescere il potere di demoni e altre creature maligne. È l'inizio di un lungo viaggio per Kagome che, insieme al mezzodemone Inuyasha, dovrà viaggiare per evitare che demoni e malvagi entrino in possesso del potere della sfera.