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Il Villaggio della Foglia si trova nel Paese del Fuoco, una delle cinque Grandi Nazioni Ninja. E' qui che vive Boruto Uzumaki, figlio del capovillaggio e Settimo Hokage, Naruto Uzumaki. Un giorno, Boruto difende Denki Kaminarimon, ricattato da dei compagni e troppo debole per affrontarli. Il primo giorno di scuola Boruto rivede Denki, e nota che il suo chakra è anomalo e il ragazzo ha dei comportamenti strani.
Dopo la sospensione dovuta all'incidente del primo giorno di scuola, Boruto fa il suo ingresso all'Accademia. I suoi compagni lo tengono in disparte perché è il figlio del Settimo Hokage e si è già beccato una sospensione. Iwabei Yuino, uno dei suoi compagni, lo sfida. Allievo di grande talento nel combattimento, è però ripetente e ha un brutto carattere. Inizialmente Boruto lo ignora, ma quando vede che se la prende con Denki che lo pregava di smetterla, le cose cambiano.
Metal Lee, uno dei compagni di Boruto, è molto bravo nello studio ed è abilissimo nelle arti marziali. Sfortunatamente per lui, è molto ansioso e se si sente osservato combina disastri. Sentendosi ferito da una battuta di Shikadai Nara, Metal lo attacca. Boruto, coinvolto nel litigio, nota che il chakra di Metal è anomalo, come era quello di Denki.
Il maestro Shino Aburame propne una sfida alla classe: dovranno dividersi in due squadre, una maschile e una femminile, e prendere una bandiera posta in cima al tetto della scuola. Boruto e la sua squadra cercano di raggiungere il tetto e prendere la bandiera prima della squadra delle ragazze, capitanate da Sarada e Chocho, ma quando Boruto tenta di compiere una Tecnica del Richiamo, succede qualcosa di imprevisto.
Un nuovo studente, Mitsuki, si è appena trasferito dal Villaggio del Suono a quello della Foglia. Batte senza alcun problema Iwabei e mostra la sua avilità nello studio risolvendo formule complesse. Nè Boruto, né i compagni riescono però a capire cosa pensi. Ma quando un operaio impegnato nelle riparazioni impazzisce, Mitsuki inizia a mormorare strane parole.
Boruto, Shikadai e Mitsuki vengono invitati da Shino a un incontro. Giunti al punto stabilito, l'uomo li attacca all'improvviso, cogliendo di sorpresa i ragazzi, che si accorgono delle sue condizioni alterate. Il clan Aburame utilizza tecniche basate sugli insetti, ed è con questi che li attacca: Boruto e amici non avrebbero chance contro uno jonin del suo livello, ma anche allora Mitsuki resta calmo e impassibile.
Chocho è convinta che qualcuno la segua, e decide di coglierlo sul fatto. Una volta catturato, il colpevole svela che in realtà stava seguendo Sumire, la capoclasse, di cui è innamorato. Chocho lo invita a dichiararsi, ma il risultato...
Il chakra simile a un'ombra e visibile solo a Boruto fa sempre più vittime. Mentre all'inizio colpiva solo chi faceva parte della scuola, adesso si espande al Villaggio. Intanto, Boruto si ritrova in uno strano sogno e al suo risveglio annuncia di aver attivato il suo Byakugan, la tecnica Oculare del clan degli Hyuga. Naruto però è incerto e chiede aiuto al suocero, Hiashi Hyuga.
Boruto viene testato da Hanabi, sua zia, per verificare la presenza del Byakugan. Il ragazzo ha accettato la prova sperando in un un riconoscimento da suo padre, ma per quanto si impegni, il Byakugan non si attiva. A questo punto, temendo di essere definito un bugiardo, inizia a dubitare di aver mai visto l'ombra di chakra. Ma proprio allora, spunta fuori una nuova vittima dell'ombra misteriosa.
Boruto inizia a chiamare "Fantasma" l'ombra e non vede l'ora di risolvere con gli amici la serie di casi recenti. Shino cerca di aiutarli, assegnando alla classe il compito di sperimentare un lavoro sul campo. Intanto Sai, un tempo membro della Radice, fa una scoperta inquietante mentre indaga per ordine dell'Hokage sull'origine degli stessi casi.
Sumire e alcune sue amiche finiscono coinvolte in una delle apparizioni del Fantasma e vengono ferite. Boruto si sente responsabile e vuole ora più che mai risolvere la questione. Aiutati dal portalettere che fa loro da guida nell'esperienza di lavoro, i ragazzi monitorano il Villaggio. Ma è una frase di Boruto a far balenare nella mente di Mitsuki e Shikadai una certa possibilità.
I casi del Fantasma improvvisamente smettono di verificarsi, per lo stupore di Boruto e compagni, ma Mitsuki sembra saperne di più. Il ragazzo si rende conto di essere cambiato e chiede consiglio agli amici per risolvere una questione... Ma poco dopo, un misterioso chakra si diffonde per il Villaggio...
Dopo le rivelazioni di Mitsuki sui casi del Fantasma, Boruto è decisissimo a trovarne il colpevole. Intanto il settimo Hokage e il suo team restano sconvolti nell'apprendere l'identità del colpevole avuta con le indagini di Sai. Ed è in quel momento che la Nue, un'enorme chimera, fa la sua comparsa da un'altra dimensione.Il Villaggio è in pericolo, ma a difenderlo ci pensa addirittura il Sesto Hokage, ora in pensione, Kakashi!
Le indagini rivelano che gli incidenti avvenuti nel Villaggio sono dovuti alle trame di qualcuno che agisce per portare avanti le volontà di Danzo Shimura, creatore e leader della Radice. Boruto riesce a usare il potere del suo occhio per entrare nel mondo parallelo in cui si è nascosto il colpevole, possessore del Gozu Tennou, un'arma che utilizza la Nue, una bestia in grado di distruggere il Villaggio. Boruto cerca di convincerlo a cambiare idea, ma riuscirà a cambiare il passato con la forza delle sue parole?
Gli incidenti dovuti al Fantasma sono finalmente finiti e adesso Boruto non riesce più a usare il suo potere. Il Villaggio torna alla sua quotidianità, come l'Accademia, ma c'è ancora qualcosa che preoccupa Boruto e amici...
Gli esami si avvicinano, e e gli studenti sono alle prese con intense sessioni di studio e allenamento perché essere bocciati a un esame significa perdere l'anno. Denki non è bravo nelle arti marziali e trova difficilissimo usare il chakra per scalare le pareti, mentre Iwabei non riesce a capire quello che studia. Boruto e compagni cercano di aiutarli, ma non fanno che confonderli ulteriormente. Riusciranno a non essere bocciati?
Sarada si impegna a consegnare un orsacchiotto a una bambina in ospedale, ma lo dimentica sul treno e va nel panico, tanto che arriva a salire sul tetto del treno, cosa inaudita per lei, che aveva sempre criticato Boruto per questo motivo. Ma Chocho si accorge di Sarada, e la accompagna all'ufficio oggetti smarriti. Il bagaglio viene recuperato, ma...
La famiglia Uzumaki è nel caos, ora che la piccola Himawari ha la febbre. Naruto non torna quasi mai a casa, e il risentimento di Boruto verso di lui cresce sempre di più, specie ora che la sorellina è malata.
Sarada osserva Boruto che viene rincorso e rimproverato dal padre per uno dei suoi scherzi, e il loro rapporto le fa ricordare l'immagine di suo padre, Sasuke, che lei non ha mai visto. Dopo aver scoperto una foto in cui Sasuke appare con una donna che indossa occhiali uguali ai suoi, Sarada è decisa a conoscere la verità. Riuscirà a scoprire il segreto dietro la sua nascita?
Sasuke invia un messaggio a Naruto, informandolo dell'esistenza di un uomo con lo Sharingan. Appena ricevuta la notizia, Naruto si mette in viaggio per incontrare Sasuke. Contemporaneamente, Sarada, rosa dai dubbi su chi sia la sua vera madre, si unisce a Chocho, intenzionata a trovare il suo vero padre. Saputo che anche Naruto è in viaggio per trovare Sasuke, le bambine si uniscono a lui, ma il pericolo incombe su di loro...
Sarada arriva alla torre dove si trova Sasuke, ma resta ferita dalle parole e dai gesti di suo padre. Imbarazzati dalla situazione, Chocho e Naruto cercano di aiutarli, ma vengono attaccati da una coppia di uomini, padre e figlio, che posseggono lo Sharingan e sostengono di chiamarsi Shin Uchiha. Intanto, Sakura viene a sapere del viaggio di Sarada...
Sarada è sconvolta dal rapimento di sua madre, e nemmeno Naruto riesce a localizzarla. Con l'aiuto di Sasuke, che trova gli Sharingan nel braccio di Shin, gli indizi li portano al laboratorio di ricerca di Orochimaru, dove Sarada incontra gli ex colleghi del padre, Suigetsu, Hozuki e Jugo. Volendo trovare una risposta alle sue domande, Sarada chiede a Suigetsu di analizzare i suoi geni.
Sarada è decisa a salvare Sakura, e si lancia all'inseguimento di Shin con Sasuke, Naruto e Chocho. Dopo una serie di brutali vattaglie con i cloni di Shin, la ragazza è sorpresa nel vedere l'intesa tra Sasuke e Sakura, che non si vedevano da anni. Improvvisamente però, Shin ordina ai suoi cloni di uccidere gli intrusi. La scoperta del legame tra i suoi genitori porterà Sarada a scoprire anche il segreto sulla sua nascita?
Il Villaggio della Foglia è in presa all'eccitazione per il prossimo Summit dei Kage. Boruto sa che i controlli di sicurezza sono severissimi, ma ha comunque in mente uno dei suoi scherzi. Intanto Sarada ha deciso di diventare Hokage e si allena duramente, mentre a porte chiuse, i Cinque Kage discutono delle informazioni riservate riferite da Sasuke su Kaguya Otsutsuki.
Boruto e compagni vanno in viaggio d'istruzione al Villaggio della Nebbia nel Paese dell'Acqua. A far loro da guida è Kagura Karatachi, un ninja della stessa età di Boruto, che ha però già un incarico ufficiale come consigliere di Chojuro, il Mizukage. Una volta noto come Villaggio della Nebbia Insanguinata, adesso invece è una città inaspettatamente moderna e vitale: tuttavia il malcontento e la nostalgia per il passato persistono in alcuni dei suoi abitanti.
Kagura e Chojuro fanno da guida a Boruto e compagni durante una visita all'Accademia della Nebbia, specializzata nell'arte della spada. Boruto resta a bocca aperta davanti alla bravura degli studenti, tanto che Chojuro organizza un duello di prova tra lui e Kagura, che però esita ad accettare. Nonostante la sua abilità sia riconosciuta da tutti, per quale motivo rifiuta la sfida?
Tsurushi Hachiya, un ex compagno di Kagura rapisce Denki per provocare Boruto. Quest'ultimo si unisce a Kagura per salvare l'amico, e insieme affrontano Hachiya e la sua gang, ma durante il confronto viene rivelata la verità su Kagura.
Kagura finalmente accetta di ereditare Rombosogliola da Chojuro, ma finisce per diventare involontariamente parte di un piano architettato da Shizuma Hoshigaki un ninja che vuole tornare al passato insanguinato.
Kagura fa entrare Shizuma e i suoi nella stanza dove sono custodite le Spade Ninja, e i nuovi Sette Spadaccini della Nebbia insorgono per riportare il Villaggio al suo passato di sangue e morte. Chojuro e Mei, l'attuale e l'ex Mizukage, vengono a sapere delle loro azioni e sono decisi a eliminarli tutti, incluso Kagura, che fa parte dei Sette Spadaccini. Per cercare di far cambiare idea a Chojuro, Boruto fa un annuncio sconvolgente.
Chojuro accompagna Boruto e Sarada alla base di Shizuma e dei suoi nuovi Spadaccini della Nebbia. Shizuma separa il gruppo di Boruto usando una tecnica che crea nebbia, e così Sarada si trova ad affrontare una nuova rivale, Buntan Kurosuki, erede delle Zanne del Fulmine. Il duello tra le due sarà durissimo, e intanto Boruto si trova ad affrontare nientemeno che Kagura.
Boruto implora Kagura di cambiare idea e rinunciare alla rivolta, ma il ragazzo rifiuta e lo attacca. Boruto fa di tutto per risparmiarlo, ma Kagura sembra incapace di resistere alle parole di Shizuma. Tuttavia qualcuno interrompe la loro battaglia: è Mitsuki, che avuto una soffiata su quanto sta succedendo. Chi è stato a informarlo e riuscirà Boruto a salvare Kagura?
Il viaggio d'istruzione finisce e Boruto e compagni si preparano a tornare alla Foglia. Chojuro si reca a salutarli ma Kagura non si fa vedere. La classe rientra senza problemi al Villaggio della Foglia e Boruto torna a casa, ma Himawari non sembra contenta. Attende il souvenir che Boruto le aveva promesso, ma che si è completamente scordato di prenderle. Boruto cerca di dirle la verità, ma non ci riesce e le cose non fanno che peggiorare...
Inojin ama disegnare sin da bambino, e la sua tecnica preferita è l'Ultra Illustrazione Animale, ma un giorno perde improvvisamente la capacità di usarla! Perplesso, il ragazzo si rivolge al padre, Sai, che utilizza la stessa tecnica. L'uomo comprende la sua situazione ma non gli indica nessuna soluzione, proponendogli invece di partecipare a un concorso di disegni per bambini. Inojin non è molto convinto, ma lo fa.
Boruto e compagni vanno in campeggio per catturare la misteriosa Carpa Eterna, che si dice sia squisita. Ormai l'esame finale è alle porte e questa potrebbe essere l'ultima occasione per tutta la classe di ritrovarsi assieme, quindi Boruto è decisissimo a catturare il pesce, ma la carpa non è dello stesso parere...
Prima dell'esame finale, gli studenti sostengono un colloquio orientativo con i genitori e gli insegnanti. Boruto, che ha ottimi voti in tutte le materie non vede nessuna nube sul suo futuro da ninja, ma Sukea, un giornalista che sta preparando un reportage sulle aspirazioni dei giovani dell'Accademia, gli fa notare che la sua indifferenza e indolenza non gli saranno d'aiuto e lo mette in guardia.
Finalmente è il momento dell'esame di diploma. Boruto e compagni passano l'esame scritto e si preparano ad affrontare quello pratico, che vedrà gli studenti confrontarsi in battaglia con i loro insegnanti e Kakashi, il Sesto Hokage! L'obiettivo è rubare un campanellino a Kakashi e ciascuno studente è intenzionato a riuscirci, ma per loro sarà durissima. Dopo aspre battaglie Boruto raggiunge Kakashi, che non ha nessuna pietà per lui!
Ao è diventato ostile. Per sfuggire ai suoi attacchi, Mugino tenta una strategia rischiosa, che permette a Boruto e agli altri di fuggire. Boruto e i suoi amici sono scioccati dagli eventi che si sono svolti, ma poi Katasuke confessa qualcosa di ancora più scioccante. Nel frattempo, dopo aver permesso a Boruto e agli altri di fuggire, Ao viene visitato da Koji Kashin, un membro di Kara, l'Husk.
Inizia la resa dei conti tra il Team 7 e Ao! Il Team 7 lavora insieme per lanciare una raffica di attacchi, ma contrastare l'uso abile degli Strumenti Ninja Scientifici da parte di Ao non sarà facile. Proprio mentre sembrano averlo messo alle strette, Ao rivela la sua arma più grande.
Mentre Boruto e i suoi amici finiscono la loro battaglia con Ao, appare Koji Kashin, un membro di Kara! Koji li lega con un Sealing Jutsu e cerca di eliminarli e completare la sua missione, ma Konohamaru dissipa il jutsu e lo affronta uno contro uno!
Koji mostra interesse per la trasformazione di Boruto e si ritira, e Boruto e i suoi amici decidono di tornare al villaggio. Sulla via del ritorno, scoprono un ragazzo incosciente che ha lo stesso strano segno sul palmo della mano di Boruto.
La battaglia tra Garo, un Esterno, e Kawaki, noto anche come la Nave, ha inizio! L'intero corpo di Garo è dotato di strumenti ninja scientifici e Kawaki è in grado di trasformare il suo braccio in varie forme. Boruto e i suoi amici sono senza parole. Mentre la battaglia infuria, Kawaki viene gradualmente sopraffatto e catturato.
Il team torna all'Advanced Technology Lab con Kawaki. Konohamaru è tornato al villaggio per riferire sulla missione. Naruto, preoccupato per la relazione tra Kawaki e Kara, decide di andare in laboratorio.
Kawaki fugge dall'Advanced Technology Lab e si ritrova in un vivace quartiere dello shopping. Esausto e affamato, cerca disperatamente cibo. Sumire e Nue lo trovano, e Sumire esprime la sua preoccupazione per il suo infortunio, ma Kawaki continua ad essere ostile.
Kawaki crolla ed è tormentato dagli incubi della sua infanzia. Da bambino, Kawaki ha sopportato un padre violento, fino a quando un giorno un uomo è apparso davanti a lui, nientemeno che Jigen, il leader di Kara.
I Cinque Kage accettano di mettere Kawaki sotto la custodia di Naruto. Naruto porta Kawaki a casa, ma si rifiuta ancora di aprirsi a nessuno. L'atmosfera tra Boruto e Kawaki, che si sono combattuti prima, diventa minacciosa.
Kawaki inizia a vivere nella famiglia Uzumaki, e all'inizio è sconcertato dalla loro pacifica vita quotidiana. Alla fine viene messo a suo agio dall'atmosfera allegra e accogliente degli Uzumakis. Nel frattempo, Boruto è furioso perché Kawaki ha rotto un vaso che la sua sorellina aveva fatto per la loro madre, alimentando le fiamme tra di loro. Come compagno detentore del Karma, Kawaki fa una proposta.
Kawaki va in città con Naruto per ottenere un nuovo vaso per sostituire quello che ha rotto. Sulla strada per il negozio di fiori Yamanaka, sono raggiunti da Sarada. Non abituato alla pacifica vita di tutti i giorni, scatta ai tentativi di Sarada di parlargli e quasi attacca un bambino per averlo urtato.
Kawaki guarda una partita di shinobi corpo a corpo tra Naruto e Boruto. Boruto usa la sua specialità, il Clone Ombra Jutsu, per affrontare suo padre, ma lotta. Dopo aver visto questo, Kawaki dice a Boruto di usare il potere del suo Karma. Nel frattempo, Kawaki si interessa al Jutsu Shadow Clone che Naruto e Boruto amano usare.
Per gestire meglio i loro Karma, Boruto e Kawaki decidono di allenarsi in condizioni più realistiche. Mentre Naruto e Himawari guardano, attivano i loro Karma e si confrontano l'un l'altro. Nel frattempo, Delta si unisce a Koji Kashin, che sta ancora inseguendo Kawaki. In qualche modo, Koji è in grado di intrufolarsi nel villaggio senza innescare il sistema sensoriale della Foglia Nascosta. Delta non ha altra scelta che aspettare il suo ritorno. Ma quando lui non torna, lei esaurisce la pazienza.
Delta si fa strada nel Villaggio della Foglia per riprendere Kawaki e appare davanti a Boruto e agli altri. Naruto la affronta per proteggere Boruto, Himawari e Kawaki. Attacca Naruto con strumenti ninja scientifici che sono stati impiantati nel suo corpo pesantemente modificato. In risposta, Naruto scatena il potere delle Nove Code, e ne consegue un feroce scontro!
Delta usa il suo raggio distruttivo in grado di neutralizzare qualsiasi potere rigenerativo. Imperterrito, Naruto lo sopprime con forza con un Rasengan gigante. Poi alza il potere del suo jutsu e lo spinge verso Delta. Sfortunatamente, Delta è stato dotato di strumenti ninja scientifici ed è in grado di assorbire qualsiasi jutsu, non importa quanto potente... Quale sarà l'esito di questa battaglia?!
Dopo aver perso il braccio in battaglia, a Kawaki viene dato un braccio protesico alimentato dal chakra di Naruto. Imparando a conoscere i poteri e le capacità dell'uso del chakra, Kawaki chiede a Naruto di essere addestrato nel ninjutsu.
Kurama appare davanti a Kawaki e gli racconta del passato di Naruto. Sentendo che hanno esperienze simili, Kawaki aspira ad essere come Naruto e rafforza la sua determinazione ad allenarsi per essere in grado di sconfiggere Jigen.
Usando la tecnica di trasporto, Sasuke arriva in una strana posizione coperta da misteriose iscrizioni. Lì trova molte cose sorprendenti sul clan Otsutsuki. Nel frattempo, Boro, uno dei leader dei Kara, ha usato pubblicamente i suoi misteriosi poteri per guarire i malati. Dice alle persone che si sono riunite che ha un modo per tutti di raggiungere la felicità.
Il Karma di Kawaki inizia ad agire e Jigen, il leader dei Kara, appare davanti a lui! Non solo Naruto e Kawaki sono sorpresi, ma anche Koji Kashin, che aveva segretamente tenuto d'occhio Kawaki. Jigen cerca di riprendere Kawaki con la forza. Dopo aver visto questo, Naruto combatte Jigen per proteggere Kawaki! Inizia finalmente uno scontro diretto tra Naruto, il Settimo Hokage, e Jigen, il leader dei Kara!
Naruto è stato trascinato in una dimensione diversa da Jigen. Lì incontra Sasuke, che gli dice che Jigen è una persona pericolosa e che devono fare tutto il necessario per sconfiggerlo immediatamente. Naruto e Sasuke lavorano insieme per sconfiggere Jigen in una feroce battaglia, ma lottano contro le avanzate abilità di combattimento di Jigen e il misterioso jutsu. Nel frattempo, Boruto riceve una cattiva premonizione quando il suo Karma inizia a recitare, e così torna rapidamente a casa con Mitsuki. Kawaki e Sarada sono lì, preoccupati per la sicurezza di Naruto.
Con l'improvvisa apparizione del nemico, Naruto, il Settimo Hokage e leader del villaggio, è scomparso. Shikamaru, l'aiutante dell'Hokage, sente che questa è una situazione grave e visita la famiglia Uzumaki con un gruppo di subordinati. Incapace di scartare la possibilità che Kawaki sia una spia per Kara, è sospettoso di Kawaki e decide di metterlo agli arresti domiciliari all'interno di una barriera per il momento. Tuttavia, Boruto si infastidisce con l'atteggiamento di Shikamaru e si scaglia. Mentre ciò accade, Kawaki percepisce il legame chakra che ha con Naruto attraverso il suo braccio protesico!
Attraverso la fessura della stanza, Boruto, Kawaki, Sarada e Mitsuki entrano nella dimensione in cui si trova il Naruto sigillato. È sorvegliato da Boro, che è anche lui dopo Kawaki. Si svolge una battaglia tempestosa.
Boruto, Mitsuki, Kawaki e Sarada sono scioccati dalle capacità rigenerative di Boro. Cercano disperatamente un modo per distruggerlo. Poi Kawaki ha un'idea. Il loro nemico ha un nucleo nel corpo che devono solo trovare e distruggere.
Nonostante abbia subito gravi danni dal nuovo Team 7, Boro va su tutte le furie, minacciando Boruto e gli altri di annientamento totale. Improvvisamente, Boruto si risveglia, ma la sua coscienza è stata presa da Momoshiki Otsutsuki! Mentre Sarada, Mitsuki e Kawaki guardano scioccati, il resuscitato Momoshiki mostra un enorme potere.
Ansioso per quello che è successo a Boruto e a se stesso, e per il pericolo che il Karma pone, Kawaki inizia a preoccuparsi che la sua presenza metta a rischio hidden Leaf Village, soprattutto perché Kara lo sta inseguendo.
Anche dopo gli incontri con i vice di Jigen, The Leaf sa poco di Kara. Per saperne di più sulla connessione di Boro con Kara, Konohamaru e Sai hanno il compito di infiltrarsi nel suo culto.
Qualcuno ha rubato dati sul Ninja Foglia. Con nulla di insolito trovato nel sistema di sorveglianza, si sospetta che una spia possa essere stata piantata all'interno del villaggio. Dopo averlo scoperto, Shikadai, Cho-Cho e Inojin iniziano a cercare il colpevole da soli.
Amado, un membro principale di Kara che ha supervisionato la loro ricerca e sviluppo, rapisce Shikadai e cerca asilo nel Villaggio della Foglia. In cambio, promette di dire loro tutto ciò che sa. Sebbene sia qualcuno di cui non possono fidarsi, con la vita di Shikadai in gioco l'Hokage viene personalmente coinvolto nella trattativa. Tornati al nascondiglio di Kara, Koji Kashin e Jigen si scontrano, ognuno cercando di scoprire quale sia il motivo dell'altro.
In cambio della concessione di asilo nel Villaggio Nascosto tra le Foglie, Amado rivela tutto ciò che sa. Amado e Koji Kashin hanno lavorato insieme per abbattere Jigen. Dice a tutti che la vera identità di Jigen è Isshiki Otsutsuki, che ha accompagnato Kaguya Otsutsuki nel loro mondo secoli fa. Continua spiegando il Karma, il marchio che affligge Boruto e Kawaki.
La battaglia tra Koji Kashin e Jigen inizia nel nascondiglio di Kara. Se Jigen riacquista il potere del Clan Otsutsuki, sarà impossibile contrastarlo. Prima che ciò accada, Kashin cerca di trascinare fuori Isshiki, che ha preso il controllo del corpo di Jigen usando una raffica di tecniche attentamente ideate per distruggerlo. Attraverso lo strumento che Amado usa, Naruto e gli altri sono in grado di guardare la battaglia da Leaf Village. Finalmente, il piano di Koji funziona e il loro nemico più forte e malvagio, Isshiki Otsutsuki, appare! Allo stesso tempo, Naruto e il gruppo assistono al fenomeno causato dallo shock al Karma di Kawaki.
Isshiki appare finalmente nella sua vera forma e va ad attaccare il Villaggio della Foglia Nascosta per catturare Kawaki, che diventerà la sua nuova nave. Naruto e Sasuke, gli unici che sono in grado di affrontare il superumano clan Otsutsuki, iniziano i preparativi. Boruto non può rimanere inattivo e vuole combattere al fianco di Naruto e Sasuke. Tuttavia, è ansioso per il suo Karma, preoccupato di ciò che accadrà se Momoshiki riprenderà la sua coscienza.
Boruto trascina Isshiki in un'altra dimensione per una resa dei conti finale. Naruto e Sasuke li seguono. Boruto, Naruto e Sasuke combattono per proteggere Kawaki e il loro villaggio da Isshiki, che ha il potere di manipolare le dimensioni. Coloro che sono rimasti nel villaggio possono solo pregare per il loro ritorno sicuro. Nel frattempo, Amado dice a Kawaki e Shikamaru che Boruto ha la chiave per vincere questa battaglia.
Naruto e Sasuke combattono ferocemente, ma i loro sforzi sono vani mentre Isshiki li spinge in un angolo. Boruto prende misure disperate per farli uscire, ma non ha successo. Proprio quando sembra che siano fuori dalle opzioni, Naruto si alza, emettendo un'incredibile quantità di chakra. Secondo Kurama, questa è la sua ultima risorsa, che gli dà un potere immenso a un grande costo. Naruto inizia il suo contrattacco su Isshiki. Cambia completamente le carte in tavola su Isshiki, travolgendolo. Tuttavia, Isshiki realizza qualcosa all'ultimo minuto e tira fuori Kawaki dal Villaggio della Foglia!
Naruto e gli altri sono esausti dalla loro battaglia con Isshiki. Improvvisamente, Boruto attacca Sasuke. Momoshiki ha preso il controllo della coscienza di Boruto e si trova davanti a loro come un nemico. Kawaki chiama disperatamente Boruto per farlo uscire. Sfortunatamente, le sue parole non sono in grado di raggiungerlo. Sasuke dice a Kawaki un modo per riportare la coscienza di Boruto. Per salvare Boruto, Kawaki tenta un piano rischioso usando un jutsu che ha imparato solo di recente. Mentre Kawaki e Sasuke combattono una battaglia disperata, Naruto alla fine esaurisce le forze. Mentre la sua coscienza svanisce, lui e Kurama ricordano tranquillamente il loro passato.
Terminata la loro battaglia contro Isshiki, Boruto e gli altri tornano al villaggio. Grazie al loro lavoro, la sicurezza del villaggio è stata mantenuta. Boruto è terrorizzato dal fatto che Momoshiki ancora una volta ha preso il sopravvento sulla sua coscienza durante la battaglia. Nel frattempo, Amado fornisce alcune nuove informazioni riguardanti Code, i cui poteri superano Jigen. Mentre ciò accade, qualcosa appare davanti a Code, che ha vegliato sull'immatura Bestia a Dieci Code in possesso di Kara!
La lotta contro Isshiki è finita e lentamente la normalità ritorna a Konoha. Tuttavia, la perdita di Kurama pesa molto. Naruto discute la situazione attuale e la possibile resurrezione di Momoshiki con gli altri quattro Kage.
Naruto, propone che l'esame Chunin venga tenuto per sollevare il morale dopo l'attacco di Isshiki. Tutti sono eccitati per l'esame, desiderosi di mostrare i risultati del loro addestramento e l'esperienza che hanno acquisito dalle missioni.
Viene annunciato il round finale dell'esame Chunin. Molti dei compagni di classe di Boruto che non sono avanzati alla fase finale dell'ultimo esame ce l'hanno fatta questa volta. Inoltre, le regole dell'esame sono cambiate: l'uso di strumenti ninja scientifici di tua creazione è ora consentito!
La fase finale degli esami è finalmente iniziata. La prima partita è Inojin contro Houki. Il team di Houki ha partecipato alle missioni di Anbu Black Ops. Per questo motivo, le loro abilità sono sconosciute. Nel frattempo, Boruto e Mitsuki notano alcune persone sospette mentre si recano al sito dell'esame, e decidono invece di seguirle.
La prossima partita nei turni finali è tra Iwabe e Wasabi. I due odiano perdere e tendono a scontrarsi tra loro, ma Iwabe viene buttato via da Wasabi, che sembra insolitamente low-key.
Inizia la partita tra Sarada e Cho-Cho. Kawaki è stato invitato da Naruto ad osservare, così come Shinki e altri che sono venuti dal Villaggio di Sabbia Nascosto. Chi uscirà vittorioso in una battaglia tra migliori amici?!
Uno dopo l'altro, si stanno decidendo i vincitori delle finali. Rimangono solo poche partite, ma Boruto e Mitsuki non sono ancora apparsi sul posto. Sarada teme che a questo ritmo, il duo sarà squalificato. Nel frattempo, la prossima partita è tra Denki e Tsubaki.
Alla Squadra 7, con Sarada come capitano, viene assegnata una missione. Mirai, che era in missione con Konohamaru, torna al villaggio gravemente ferito. La missione doveva essere semplice, ma Mirai riferisce che la situazione è cambiata drasticamente. Si decide che verranno inviati rinforzi e che i volontari del Team 7 se ne andranno.
Affinché Kawaki diventi un genin, viene deciso che può fare un test speciale diverso da quello tenutosi presso l'Accademia Ninja. Una missione di grado D è considerata equivalente, quindi Kawaki viene assegnato come membro aggiuntivo. Tuttavia, è difficile lavorare con lui, ignora la necessità di lavorare in squadra e agisce da solo, dando filo da torcere ai suoi compagni di squadra mentre interrompe la missione!
Kawaki inizia a credere che essere un genin non faccia per lui. Il Settimo Hokage gli dà un ultimo colpo e gli assegna di unirsi a Shikadai e Cho-Cho in una missione per proteggere Mozuku, dalla Terra dei Mari Calmi, e scortarlo di nuovo in patria. Riuscirà Kawaki a cooperare con i suoi compagni e a compiere la missione questa volta? Nel frattempo, il Team 7 è in un'altra missione e superano un gruppo che sembra essere ninja sotto mentite spoglie...
Cho-Cho viene ferito in un attacco da un misterioso ninja e l'oggetto che Mozuku aveva in mano viene rubato. Il capitano Shikadai si rende conto che questa non era una normale missione di guardia, ma una che li rende gli obiettivi di altri ninja. Decide subito di tornare verso casa. Ma Kawaki si sente per Mozuku, a cui è stato affidato l'oggetto che avrebbe salvato il suo popolo, quindi ignora gli ordini di Shikadai e insegue il ninja insieme a Mozuku. Tutto solo, Kawaki affronta un potente nemico che usa uno strano jutsu. Sarà in grado di proteggere Mozuku e riportarlo in sicurezza nella Terra dei Mari Calmi?
I mercanti itineranti sono stati attaccati da rapinatori viziosi. Wasabi, Namida e Tsubaki del Team 15 vengono inviati sul luogo dell'incidente per indagare. Tsubaki trova un indizio che sembra indicare samurai della sua patria, la Terra del Ferro. Inoltre, l'indizio appartiene a una certa persona che fa tremare Tsubaki di paura. Quella persona è qualcuno che rispettava molto tempo fa, un compagno di apprendistato con il quale ha addestrato e affinato la sua abilità con la spada, qualcuno con cui Tsubaki condivide un certo destino!
I mercanti itineranti sono stati attaccati da rapinatori viziosi. Wasabi, Namida e Tsubaki del Team 15 vengono inviati sul luogo dell'incidente per indagare. Tsubaki trova un indizio che sembra indicare samurai della sua patria, la Terra del Ferro. Inoltre, l'indizio appartiene a una certa persona che fa tremare Tsubaki di paura. Quella persona è qualcuno che rispettava molto tempo fa, un compagno di apprendistato con il quale ha addestrato e affinato la sua abilità con la spada, qualcuno con cui Tsubaki condivide un certo destino!
Il nuovo Team 7, con Kawaki il suo nuovo membro, viene assegnato per scortare Katasuke a una cerimonia nella Terra dell'Acqua. Boruto non vede l'ora di vedere Kagura Karatachi, uno shinobi della Terra della Nebbia che non ha mai visto dal loro viaggio sull'Accademia nella Terra dell'Acqua. Tuttavia, all'ombra della cerimonia, un gruppo che nutre rancore inizia furtivamente a fare la sua mossa.
Boruto sta visitando la prigione quando un dirigibile esplode durante la cerimonia. Proprio mentre sta per precipitarsi sulla scena, la struttura viene attaccata, quindi rimane per aiutare Kagura a combattere gli assalitori. Riusciranno a fermare il tentativo di evasione dal capo di una banda di pirati?
La Terra dell'Acqua viene conquistata dai pirati e il contatto con la Squadra 5 di Denki viene perso. Il nuovo Team 7 si unisce a un'unità guidata da Kagura e parte per l'isola di Dotou per assistere il Team 5 e salvare gli isolani. Tuttavia, l'unità è composta da Buntan, Hebiichigo e Kyoho, che in passato si erano definiti i "Nuovi Sette Spadaccini Ninja della Nebbia". Sarada e Mitsuki scendono a terra per esplorare l'isola mentre Boruto e gli altri rimangono indietro e osservano la situazione nelle vicinanze.
Sarada e Mitsuki incontrano finalmente Denki e la sua squadra. Insieme, escogitano un piano per liberare gli ostaggi detenuti nella miniera. Nel frattempo, Boruto e Kagura si imbattono nella fortezza galleggiante del clan Funato.
Mentre Sarada e gli altri si affrettano a evacuare la gente dell'isola, Boruto diventa ansioso quando scopre che sono minacciati dalla fortezza mobile, che è dotata di una potente arma. Kagura, Hebiichigo e Kyoho si presentano per assistere Boruto, Kawaki e Buntan. Insieme, fanno il possibile per distruggere l'arma per proteggere i loro amici, ma sono ostacolati da Tenma e sono costretti a combatterlo.
Sulla nave che naviga verso Kiri, il capitano Taiki viene assassinato durante la notte. I sospetti si concentrano immediatamente sull'immenso Kyohô, che perde sempre la testa alla vista del sangue.
Con la nave rovinata e persa in mezzo all'oceano, Boruto e i suoi amici non hanno nulla da fare... Fino a quando un giovane ragazzo di nome Ikada appare accanto al suo padrone, un costruttore navale professionista, e sembra che le cose miglioreranno...
La vita dei ninja sta per cambiare. Boruto Uzumaki, figlio di Naruto Uzumaki, il Settimo Hokage, si è iscritto all'Accademia Ninja per impararne tutti i segreti. Tra un mistero e l'altro, la storia di Boruto ha inizio!