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La casata Atreides si trasferisce dal pianeta Caladan per prendere possesso del pianeta Arrakis, ma in tal modo cade in una trappola ordita dall'imperatore stesso e dagli Harkonnen, i nemici giurati degli Atreides.
Nella seconda parte vediamo il protagonista Paul Atreides nei panni di Muad'dib, accolto assieme alla madre Lady Jessica dal misterioso e affascinante popolo dei Fremen, comandati da Stilgar, un forte e saggio guerriero che addestrerà il protagonista alla difficile e spietata vita del deserto. Nelle profonde caverne scopriamo assieme a Paul i segreti dei Fremen e del loro sogno planetario.
La terza parte è incentrata sulla bellicosa riconquista di Dune-Arrakis attraverso il jihād comandata da Paul Muad'dib, il quale, grazie alla pericolosa Spezia, ha nel frattempo sviluppato i suoi poteri latenti, diventando il Kwisatz Haderach, l'essere supremo, vertice di un programma genetico segreto della Sorellanza delle Bene Gesserit.
Due famiglie, quella del Duca Leto Atreides e quella del Barone Harkonnen, si ritrovano divise da una questione di interessi. Il Duca deve difendere il suo regno dal nemico e nello stesso tempo amministrare Dune, un vasto e inospitale deserto, nel quale una goccia d'acqua vale una fortuna. Ma Dune è anche il pianeta di un inestimabile tesoro. Qui infatti, cresce la spezia dagli straordinari poteri.