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Mentre lavora per un commerciante, lo sterminatore Kidow entra in azione per rispondere all'attacco degli insetti e poi promette di riportare la giovane Ilie dalla madre.
Quando un omicidio raccapricciante viene alla luce, Kidow sospetta che non sia colpa degli insetti. Qualcuno ruba la borsa di Ilie al mercato.
Ilie fa amicizia con il capo della banda dei ratti rossi. Kidow riceve una lettera e una mappa con i luoghi degli omicidi.
L'esercito deve sterminare un insetto in agguato nella sabbia sotto l'area E-05. Ancora pentito per le azioni di cinque anni prima, Qasim si offre volontario come esca.
Ilie scopre da Mario che è stato il padre adottivo di Kidow, Lazarus, a insegnargli le dure lezioni sulla sopravvivenza nell'Estremo Oriente infestato dai Cagaster.
Un uomo che si spaccia per il padre di Ilie arriva per portarla via. La ragazzina e Kidow cercano di fuggire, ma prima di riuscirci finiscono in un'imboscata di Acht.
Alla ricerca di indizi sul passato di Ilie, Jin e Kidow scoprono un messaggio che Griffith ha registrato per Franz, spiegando le sue azioni e le origini della ragazzina.
Le forze di Adham tramano per rovesciare il sovrintendente e trasformare la zona E-05 in una gabbia per insetti. Kidow fugge in E-07, dove Ilie è prigioniera.
Kidow s'infiltra nella torre principale dell'area E-07 alla ricerca di Ilie, che si proclama la nuova regina del nido dopo aver appreso la verità sulle sue origini.
Di nuovo insieme, Ilie e Kidow si dirigono verso la sala del trono, ma la scorta di Adham e i numerosi Cagaster li ostacolano.
Gravemente ferito, Franz conduce Ilie al trono conferendole il controllo sul destino di Tania. Acht e Kidow si affrontano per l'ultima volta.
Lo scontro tra le forze di Salif e i difensori della zona E-05 arriva alla fase finale e i sopravvissuti nella torre principale della zona E-07 affrontano il loro futuro.
In un prossimo futuro, una misteriosa malattia chiamata "Cagaster" fa la sua comparsa sulla Terra: una volta contratto il virus, l'umano infetto si trasforma in un feroce insetto. La storia inizia 30 anni dopo il diffondersi della malattia, nel 2125, e segue le avventure di Kidou, un ragazzo che combatte gli insetti.