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Theo si risveglia dall'ibernazione e i residenti di Wayward Pines si ritrovano a combattere con il "governo" della Prima Generazione.
Theo viene a conoscenza della verità e del motivo per cui si trova a Wayward Pines. CJ è a capo di un progetto vitale, e profondamente pericoloso, al di là della recinzione.
L'infermiera Pam si rifà viva ed è una minaccia più che mai pericolosa per la città. Veniamo a conoscenza del passato di Jason.
Xander ritorna a Wayward Pines con un ospite inaspetato. CJ organizza e guida un gruppo di coraggiosi oltre la recinzione.
La verità sulla creazione di Wayward Pines è rivelata. Megan compie degli esperimenti sulla prima Abby, Frank invece sta affrontando dei problemi personali.
Le Abby attaccano CJ lasciando Teresa in grave pericolo e la città con poche scorte alimentari. Theo mette in opera una piccola unità di triage ma la sua vita privata è sotto pressione e il suo matrimonio rischia di fallire. Jason ha dei dubbi sulle capacità di Xander come leader, ma lui dimostra di avere ancora delle carte da giocare.
CJ riflette sulla sua vita e sulle responsabilità che ha dovuto affrontare nel corso del tempo. Theo e Megan sono in disaccordo sul livello di intelligenza di Abbie.
Theo chiede aiuto a Hassler per catturare Margaret mentre Xander ha un confronto con Rebecca in merito alle sue condizioni.
Jason prende una decisione fatale, Theo e Xander devono mettere da parte le loro differenze e fermarlo prima che sia troppo tardi per la razza umana.
Theo si trova di fronte a una decisione che potrebbe essere di importanza vitale per il futuro di quello che resta della razza umana.
Ethan Burke è un agente dello United States Secret Service che, durante la ricerca di due agenti federali scomparsi, fa un incidente in macchina e perde i sensi. Si risveglia in ospedale e qui conosce l'infermiera Pamela Pilcher, quest'ultima gli dice che si trova ricoverato a Wayward Pines, una piccola cittadina dell'Idaho. Ethan si dirige verso la stazione della polizia con l'intenzione di recuperare i propri oggetti personali persi durante l'incidente, ma quando vi arriva lo sceriffo afferma di non possederli e lo invita ad andarsene. Colpito dal poco aiuto ricevuto dai servizi e non capendo ancora bene il motivo per cui si trovi lì, Ethan inizia ad esplorare il paese facendo conoscenza dei cittadini ed aumentando ancora di più la propria confusione: gli abitanti appaiono freddi, insensibili, quasi pazzi e divagano a qualsiasi richiesta di informazioni del protagonista.